蛋白质的结构与功能的关系是：结构是功能的基础，决定着蛋白质的生物学功能。
1.蛋白质的结构和功能还有着适应性和统一性。同源的蛋白质当中氨基酸的位置是有许多相同的，其他的氨基酸的差异就比较大。比如其他生物的细胞色素C的结构，它是与人的关系接近的。当氨基酸的差异比较小时，亲近的关系就越大。
2.血红蛋白是一个四聚体蛋白质，具有氧合功能，可在血液中运输氧。脱氧血红蛋白与氧的亲和力很低，不易与氧结合。一旦血红蛋白分子中的一个亚基与O2结合，就会引起该亚基构象发生改变，并引起其它三个亚基的构象相继发生变化，使它们易于和氧结合，说明变化后的构象最适合与氧结合。
3.在生物体内，有些蛋白质常以前体的形式合成，只有按一定方式裂解除去部分肽链之后才具有生物活性，如酶原的激活。用透析法除去β-巯基乙醇和脲后，此酶经氧化又自发地折叠成原有的天然构象，同时酶活性又恢复。